Oui en fait tu as 2 possibilités, une simple et une compliquée.

La compliquée consiste a passer le javascript en php mais c'est assez lourd.

La deuxième solution consiste a fermer le php avant d'insérer le js puis de réouvrir le php.

Exemple, dans ton header.php du thème, tu as:

<? php
doctype
<title>
<meta>
<meta>
</head>


juste en dessous de <body> tu fermes l'echo , regarde si tu es en " ou ' et tu fermes le php

<body>';
?>

tu places ton js ( qui sera alors dans la partie html )

puis tu réouvres ton echo et ton php

<? php
echo' ou echo"



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n'oublie pas de prendre l'image et de la placer correctement suivant ton lien.